Секретаријат за јавни превоз организован је кроз седам сектора и то:

1. Сектор за економске послове

• Одељење за економско – финансијске послове;
• Одељење за праћење и контролу корисника буџетских средстава.

2. Сектор за нормативно-правне послове и послове јавних набавки

• Одељење за нормативне и управно-правне послове;
• Одељење за јавне набавке и опште послове.

3. Сектор за планирање и развој јавног линијског превоза

• Одељење за планирање;
• Одељење за режиме саобраћаја у јавном линијском превозу;
• Одељење за саобраћајну инфраструктуру јавног линијског превоза;
• Одељење за развој и унапређење јавног линијског превоза.

4. Сектор за тарифне системе и контролу

• Одељење за тарифне системе;
• Одељење за контролу система.

5. Сектор за управљање превозом путника, ред вожње, обрачун и контролу рада превозника:

• Одељење за мониторинг и управљање:
• Одсек за мониторинг и управљање градским превозом путника;
• Одсек за мониторинг и управљање приградским превозом и на минибус експрес линијама;
• Одељење за израду реда вожње;
• Одељење за обрачун транспортног рада и контролу превозника.

6. Сектор за такси превоз

• Одељење за управно-правне послове из области такси превоза;
• Одељење за саобраћајно-техничке и опште послове.

7. Сектор за јавни шински и речни превоз и софтверску подршку

• Одељење за јавни шински и речни превоз.